Preparación de bibliotecas para NGS

Kits
de extracción de ADN genómico

Para la preparación de bibliotecas de ADN, es necesario extraer ADN genómico (ADNg) de alto peso molecular a partir de células, tejidos u otros tipos de muestras. El ADN genómico purificado debe presentar un nivel mínimo de fragmentación y de contaminantes biológicos y químicos para garantizar un rendimiento óptimo en las reacciones posteriores de amplificación o secuenciación.  

El kit de extracción de ADN de alto peso molecular Fire Monkey™/Fire Flower™ permite aislar ADN genómico de alta pureza con un nivel mínimo de fragmentación y pocos contaminantes de ácidos nucleicos de bajo peso molecular.

• Fire Monkey™ es un proceso estándar con columna de centrifugación que extrae ADN de alto peso molecular con una longitud media de cadena superior a 100 kb a partir de células bacterianas o de mamíferos en una hora.
• Fire Flower™ es un proceso estándar con columna de centrifugación que permite seleccionar por tamaño el ADN extraído de cualquier fuente de muestra en 15 minutos. Fire Flower™ puede aumentar la longitud media global de las cadenas en un 30 %, al tiempo que elimina los fragmentos de ADN de hasta 30 kb. 

Kits
de amplificación del genoma completo

El análisis de secuencias de ADN suele verse limitado por las pequeñas cantidades de muestra disponibles o por un bajo rendimiento de extracción. Cuando solo se dispone de material de partida limitado, pueden utilizarse técnicas de amplificación para aumentar la cantidad de ADN de partida. La amplificación del genoma completo (WGA) puede utilizarse para preamplificar muestras de ADN tanto intactas como altamente fragmentadas, con el fin de incorporarlas a los flujos de trabajo de NGS.

El kit SeqPlex-I WGA permite la amplificación de pequeñas cantidades de ADN, así como de ADN degradado o muy fragmentado, para su introducción directa en las celdas de flujo de secuenciación de nueva generación (NGS) de Illumina®.  

• Facilita la secuenciación a partir de tan solo 100 pg de ADN
• Cebadores mejorados para una cobertura completa del genoma, un sesgo de secuencia mínimo y un tamaño de amplicón ideal para la secuenciación de nueva generación (NGS)
• Rentable: no requiere ningún paso adicional de preparación de bibliotecas para NGS
• Compatible con la secuenciación de nueva generación ^de Illumina®

El kit SeqPlex Enhanced DNA Amplification para la amplificación del genoma completo está diseñado para facilitar la secuenciación de nueva generación a partir de cantidades extremadamente pequeñas o de ADN degradado o muy fragmentado. Este kit se ha desarrollado para integrarse en los flujos de trabajo de secuenciación de Illumina®, SOLiD™ o 454.

• La tecnología de cebado aleatorio amplifica el ADN fragmentado, como el de ChIP o FFPE
• Facilita la secuenciación a partir de tan solo 100 pg de ADN de ChIP
• Cebadores mejorados para una cobertura completa del genoma, un sesgo de secuencia mínimo y la eliminación de los cebadores
• Compatible con la preparación de bibliotecas Illumina®, SOLiD™ o 454 para la secuenciación de nueva generación

Kits
de amplificación del transcriptoma completo

El objetivo principal al preparar una biblioteca de NGS para RNA-Seq es maximizar la complejidad de la biblioteca del transcriptoma para representar plenamente el conjunto inicial de secuencias, al tiempo que se reduce el sesgo. El RNA-Seq para la elaboración de perfiles de expresión génica de alto rendimiento y el análisis del transcriptoma suele enfrentarse al reto que supone la escasa cantidad de ARN de partida. La amplificación del transcriptoma completo (WTA) puede utilizarse para generar cantidades suficientes de objetivos de secuenciación a partir de pequeñas cantidades de ARN, pero requiere una replicación de transcritos de alta fidelidad, sin pérdida ni distorsión de ARNm específicos, para reducir el sesgo de la biblioteca.

El kit SeqPlex-I WTA permite la amplificación de pequeñas cantidades de ARN transcrito inversamente o de ARN degradado para su introducción directa en las celdas de flujo de secuenciación de nueva generación (NGS) de Illumina®. 

• Amplifica cantidades fragmentadas o extremadamente pequeñas de ARN total. El ARN fragmentado o intacto procedente de cualquier fuente, incluidos FFPE y RIP, se amplifica fácilmente mediante la tecnología de cebado aleatorio.
• El diseño de cebadores semidegenerados para la biblioteca garantiza una cobertura más completa del transcriptoma y un inicio de reacción eficiente
• Menos pasos: no es necesario fragmentar el ADNc antes de la secuenciación
• Alta eficiencia: amplifica el ADNc de doble cadena en 8 horas o menos
• Rentable: ya no requiere un paso adicional de preparación de la biblioteca para NGS
• Compatible con la secuenciación de nueva generación de Illumina®

El kit de amplificación de ARN SeqPlex para la amplificación del transcriptoma completo (WTA) está diseñado para facilitar la secuenciación de nueva generación (NGS) a partir de pequeñas cantidades o de ARN degradado o muy fragmentado (por ejemplo, ARN procedente de muestras de tejido fijadas en formalina e incluidas en parafina [FFPE]). El kit SeqPlex permite al usuario preamplificar muestras de ARN para incorporarlas a un flujo de trabajo de NGS.

• La tecnología de cebado aleatorio amplifica pequeñas cantidades de ARN fragmentado o intacto procedente de cualquier fuente, incluidos los tejidos FFPE y RIP.
• Diseño de cebadores de biblioteca semidegenerados para una cobertura más completa del transcriptoma y un inicio de reacción eficiente.
• No es necesario fragmentar el ADN antes de la secuenciación.
• Amplifica el ADNc bicatenario en 8 horas o menos.
• Compatible con todas las plataformas de secuenciación de nueva generación, excepto Pacific Bioscience.