Prestige Antibodies® : L'Atlas cellulaire
En 2015, le projet « Human Protein Atlas » a présenté une carte complète de l'expression du protéome humain dans les tissus humains. L'« Atlas des tissus » et l'« Atlas du cancer » comprennent des données relatives à 17 500 anticorps Prestige Antibodies®.
La dernière nouveauté de l’Atlas des protéines humaines est l’Atlas cellulaire, un outil formidable pour tous ceux qui utilisent des anticorps pour l’immunofluorescence par coloration in situ (ICC-IF) ou qui travaillent dans le domaine de la biologie cellulaire en général. L’Atlas cellulaire présente des données concernant plus de 10 000 anticorps Prestige Antibodies®.
Les processus biologiques qui se déroulent au sein de la cellule sont à la base de toute forme de vie. Pour mieux comprendre les mécanismes des cellules vivantes, il est essentiel de déterminer la localisation subcellulaire des protéines actives dans ces cellules. Les différents organites offrent des environnements caractérisés par des conditions physiologiques, des composants et des partenaires d’interaction variés, qui déterminent la fonction des protéines.
La section « Cell Atlas » de l’Atlas des protéines humaines (Human Protein Atlas) permet de visualiser la répartition spatiale des protéines dans la cellule humaine. Pour chaque protéine, on dispose de colorations immunofluorescentes réalisées à l’aide d’anticorps spécifiques à la cible dans plusieurs lignées cellulaires humaines, d’annotations sur les localisations subcellulaires et de données sur l’expression de l’ARN du gène cible dans un grand nombre de lignées cellulaires. Pour bon nombre de ces protéines, on dispose également des résultats de différents tests de validation, tels que l’inhibition par siRNA, la colocalisation avec la GFP et des analyses de dépendance au cycle cellulaire.
Capture d'écran tirée de l'Atlas des protéines humaines, présentant une partie des informations relatives à la cycline B1 disponibles sur le Cell Atlas. La cycline B1 est localisée dans le cytosol de la cellule.
Le Cell Atlas est divisé en quatre chapitres distincts, qui proposent une analyse fondée sur les connaissances des protéomes cellulaires humains :
- Transcriptome des lignées cellulaires
- Protéome des organites
- Protéome
à localisation multiple - Protéome dépendant du cycle cellulaire
Ces différents chapitres comprennent des descriptions et des analyses des profils d’expression des protéines, une liste complète des protéines exprimées dans le protéome, ainsi que des exemples d’images détaillées illustrant les schémas de distribution spatiale subcellulaire.
Image reproduite avec l'aimable autorisation de l'Human Protein Atlas
Pour le Cell Atlas, la microscopie confocale a été utilisée afin d’obtenir des images haute résolution en quadrichromie sur des lignées cellulaires. Trois marqueurs d’organites différents sont représentés avec l’anticorps spécifique sous forme de canaux distincts dans les images multicolores :
- Anticorps marqué en vert
- Noyau marqué en bleu
- Microtubules en rouge
- Réticulum endoplasmique en jaune
En utilisant le bouton « basculer entre les canaux » sur les images haute résolution, il est possible d'activer ou de désactiver les différents canaux.
Immunofluorescence de la lignée cellulaire U-2 OS. Anticorps HPA030741 (anti-CCNB1) en vert, noyau coloré en bleu et microtubules en rouge. Sur l’image de droite, seul le canal vert, correspondant à la coloration par l’anticorps, est activé.
Les images de l’Atlas cellulaire offrent une résolution au niveau de la cellule unique, ce qui permet d’étudier les variations des profils d’expression protéique d’une cellule à l’autre. Les cellules sont cultivées dans des conditions asynchrones, ce qui laisse supposer que les variations au niveau de la cellule unique sont très probablement dues à un effet du cycle cellulaire.
L'anticorps anti-MRPS7, HPA022522 (coloré en vert), met en évidence des variations au niveau des cellules individuelles dans la lignée cellulaire A-431
Vous trouverez ci-dessous des exemples d’anticorps de la gamme Prestige Antibodies® mettant en évidence trois organites différents.
L'anticorps anti-DDX39B (HPA058450) détecte la protéine DDX39B, une hélicase d'ARN du spliceosome, impliquée dans l'exportation nucléaire de l'ARNm épissé et non épissé. Dans la lignée cellulaire humaine MCF7, la coloration par immunofluorescence réalisée à l'aide de l'anticorps HPA058450 montre une localisation au niveau des speckles nucléaires (coloration de l'anticorps en vert).
L'anticorps anti-COPG1 (HPA037866) est dirigé contre la protéine gamma-1, sous-unité du complexe coatomère, qui intervient dans le transport des protéines depuis le réticulum endoplasmique (RE), via l'appareil de Golgi, jusqu'au réseau trans-Golgi. L'anticorps HPA037866 se localise au niveau de l'appareil de Golgi, comme le montre la coloration par immunofluorescence de la lignée cellulaire humaine U-2 OS (coloration de l'anticorps en vert).
L'anticorps anti-KIF5B (HPA037589) détecte la protéine de la chaîne lourde de la kinésine-1, un moteur dépendant des microtubules nécessaire à la répartition normale des mitochondries et des lysosomes. Par immunofluorescence sur la lignée cellulaire humaine U-2 OS, l'anticorps HPA037589 se localise dans le cytosol et au niveau du centre d'organisation des microtubules (coloration de l'anticorps en vert).
Tous les anticorps développés pour l'Atlas des protéines humaines, qui comprend l'Atlas cellulaire, l'Atlas tissulaire et l'Atlas du cancer, sont disponibles chez nous sous la marque Prestige Antibodies®.