Préparation des bibliothèques pour le séquençage de nouvelle génération (NGS)

Kits d'extraction
d'ADN génomique

Pour la préparation de banques d'ADN, il est nécessaire d'extraire de l'ADN génomique (ADNg) de haut poids moléculaire à partir de cellules, de tissus ou d'autres types d'échantillons. L'ADN génomique purifié doit présenter un cisaillement minimal et un faible taux de contaminants biologiques et chimiques afin d'assurer des performances optimales lors des réactions d'amplification ou de séquençage ultérieures.  

Le kit d’extraction d’ADN de haut poids moléculaire Fire Monkey™/Fire Flower™ permet d’isoler de l’ADN génomique de haute pureté, présentant un cisaillement minimal et une faible teneur en contaminants d’acides nucléiques de bas poids moléculaire.

• Fire Monkey™ est un procédé standard à colonne de centrifugation qui extrait en une heure de l’ADN de haut poids moléculaire, avec une longueur moyenne des brins supérieure à 100 kb, à partir de cellules bactériennes ou mammifères.
• Fire Flower™ est un procédé standard à colonne de centrifugation qui permet de sélectionner l’ADN extrait en fonction de sa taille, quelle que soit la source de l’échantillon, en moins de 15 minutes. Fire Flower™ permet d’augmenter la longueur moyenne globale des brins de 30 % tout en éliminant les fragments d’ADN jusqu’à 30 kb. 

Kits d’amplification
du génome entier

L’analyse des séquences d’ADN est souvent limitée par les faibles quantités d’échantillon disponibles ou par un faible rendement d’extraction. Lorsque le matériel de départ est limité, des techniques d’amplification peuvent être utilisées pour augmenter la quantité d’ADN de départ. L’amplification du génome entier (WGA) permet de préamplifier aussi bien des échantillons d’ADN intacts que fortement fragmentés en vue de leur intégration dans des flux de travail de séquençage de nouvelle génération (NGS).

Le kit SeqPlex-I WGA permet l’amplification de petites quantités d’ADN, ou d’ADN dégradé ou fortement fragmenté, en vue d’une introduction directe dans les cellules de flux de séquençage de nouvelle génération (NGS) Illumina®.
  

• Permet le séquençage à partir d’une quantité d’ADN aussi faible que 100 pg
• Amorces optimisées pour une couverture complète du génome, un biais de séquence minimal et une taille d’amplicon idéale pour le séquençage de nouvelle génération (NGS)
• Économique : aucune étape supplémentaire de préparation de bibliothèque NGS
• Compatible avec le séquençage de nouvelle génération Illumina^®

Le kit d’amplification d’ADN SeqPlex Enhanced pour l’amplification du génome entier est conçu pour faciliter le séquençage de nouvelle génération à partir de quantités extrêmement faibles d’ADN ou d’ADN dégradé/fortement fragmenté. Ce kit a été développé pour s’intégrer aux flux de travail de séquençage Illumina^®, SOLiD™ ou 454.

• La technologie d’amorçage aléatoire permet d’amplifier l’ADN fragmenté, tel que l’ADN ChIP ou FFPE
• Permet le séquençage à partir d’aussi peu que 100 pg d’ADN ChIP
• Amorces améliorées pour une couverture complète du génome, un biais de séquence minimal et une élimination des amorces
• Compatible avec la préparation de bibliothèques Illumina^®, SOLiD™ ou 454 pour le séquençage de nouvelle génération

Kits d’amplification du
transcriptome complet

L’objectif principal de la préparation d’une bibliothèque NGS pour le séquençage d’ARN (RNA-Seq) est de maximiser la complexité de la bibliothèque transcriptomique afin de représenter pleinement le pool initial de séquences tout en réduisant les biais. Le séquençage d’ARN (RNA-Seq) destiné au profilage de l’expression génique à haut débit et à l’analyse du transcriptome se heurte souvent à la faible quantité d’ARN de départ. L’amplification du transcriptome entier (WTA) peut être utilisée pour générer des quantités suffisantes de cibles de séquençage à partir de faibles quantités d’ARN, mais nécessite une réplication des transcrits de haute fidélité, sans perte ni distorsion des ARNm spécifiques, afin de réduire les biais de la bibliothèque.

Le kit SeqPlex-I WTA permet l’amplification de faibles quantités d’ARN transcrit à l’envers ou d’ARN dégradé en vue d’une introduction directe dans les cellules de flux de séquençage de nouvelle génération (NGS) Illumina®.
 

• Amplifie l’ARN total fragmenté ou en quantités extrêmement faibles. L’ARN fragmenté ou intact provenant de toutes les sources, y compris les échantillons FFPE et RIP, est facilement amplifié grâce à la technologie d’amorçage aléatoire.
• La conception d’amorces de bibliothèque semi-dégénérées garantit une couverture plus complète du transcriptome et un amorçage efficace
• Moins d’étapes : pas besoin de fragmenter l’ADNc avant le séquençage
• Haute efficacité : amplifie l’ADNc double brin en 8 heures ou moins
• Rentabilité : ne nécessite plus d’étape supplémentaire de préparation de bibliothèque NGS
• Compatible avec le séquençage de nouvelle génération Illumina^®

Le kit d’amplification d’ARN SeqPlex pour l’amplification du transcriptome entier (WTA) est conçu pour faciliter le séquençage de nouvelle génération (NGS) à partir de faibles quantités d’ARN ou d’ARN dégradé/fortement fragmenté (par exemple, l’ARN provenant d’échantillons de tissus fixés au formol et inclus dans la paraffine (FFPE)). Le kit SeqPlex permet à l’utilisateur de préamplifier des échantillons d’ARN en vue de leur intégration dans un flux de travail NGS.

• La technologie d’amorçage aléatoire permet d’amplifier de faibles quantités d’ARN fragmenté ou intact provenant de toutes les sources, y compris les échantillons FFPE et RIP.
• Conception d’amorces de bibliothèque semi-dégénérées pour une couverture plus complète du transcriptome et un amorçage efficace.
• Il n’est pas nécessaire de fragmenter l’ADN avant le séquençage.
• Amplification de l’ADNc double brin en 8 heures ou moins.
• Compatible avec toutes les plateformes de séquençage de nouvelle génération, à l'exception de Pacific Bioscience.