臭化エチジウム

臭化エチジウム（EtBr）は、PAGEまたはアガロースゲル電気泳動に最もよく使用される核酸染色です。EtBrの蛍光は、二本鎖RNAに結合すると21倍に、二本鎖DNAに結合すると25倍に増加するため、バックグラウンドの脱色は不要であり、染色濃度を抑えることができます（10 μg/mL）。EtBrは、多数の核酸蛍光アッセイで使用されています。一本鎖DNA（それほど強くはありませんが）および三本鎖DNAに結合することが示されています。DNAに結合できるため、EtBrはDNAポリメラーゼの阻害剤です。

二本鎖DNAおよびRNAをインターカレーションするフレームシフト変異誘発物質です。

エチジウムブロミドは、二本鎖のDNAとRNAにインターカレーションし、フレームシフト変異誘発物質として働きます。アクリジンオレンジとともに使用することによって、生細胞、アポトーシス細胞、壊死細胞を識別することもできます。

電気泳動後のゲルの染色に用いる場合は、ストック溶液を水で0.5 μg/mLに希釈し、ゲルを15～30分間浸漬します。通常は脱染は不要ですが、バックグラウンドを低下させる必要がある場合は、水で15分間脱染できます。 UVライトボックス(波長254 nm)でDNAバンドを検出できます。ゲルおよび泳動用バッファーに臭化エチジウムを0.5 μg/mLとなるよう添加しておくと、泳動終了後すぐにバンド検出を行なうことができます。