両末端標識プローブ
両末端標識プローブは、qPCRにおいて最も一般的なプローブで、加水分解プローブとも呼ばれます。
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両末端標識プローブの用途
- マイクロアレイバリデーション
- 標的遺伝子・低コピー数ターゲットの検出
- 病原体の検出
- マルチプレックス
- ウイルス量の定量化
- 遺伝子発現解析
- 遺伝子コピー数の決定
MISSION® siRNAおよびshRNAによるノックダウンのバリデーションに最適です。
両末端標識プローブを使用する利点
- シーケンス特異性の設計が簡単に
- レポーター／クエンチャーの組み合わせが豊富
- 感度向上
Locked Nucleic Acid（LNA）／MGB:EDOの挿入
BHQ™と併せたLNCの利点
- 熱安定性とハイブリダイゼーション特異性の向上
- SNP検出、対立遺伝子識別、 in vitro 定量／検出における精度向上
- 困難なターゲットシーケンスでも、より簡単で感度の高いプローブを設計可能
- 天然で蛍光を発しないため（光ではなく熱を放射）、バックグラウンドを低下
- SN比が高く、感度が高い
- マルチプレックスのための多くのレポーターを選択可能
MGB:EDQの利点
- プローブと標的のハイブリダイゼーションの特異性が向上して、非特異的結合の可能性を低下
- 感度が高いため短いプローブの使用が可能になり、qPCRアッセイの感度を向上
- 融解温度調整によりプローブのTm調整が可能になり、最適なTm値を持つqPCRプローブの設計に有益
- バックグラウンドシグナルの低減は、バックグラウンド蛍光の低減に貢献し、シグナル・ノイズ比（S:N）が改善
- 安定性の向上により、プローブ・標的ハイブリッドの安定性が高まり、プローブ分解の可能性が低下
- デザインの柔軟性によりプローブデザインの選択肢が拡大し、効率的なqPCRアッセイの作成を促進
- ミスマッチの識別によるSNP検出の強化
両末端標識プローブのメカニズム
両末端標識プローブは、2種類の色素で標識した一本鎖オリゴヌクレオチドです。レポーター色素は5'末端、クエンチャー分子は3'末端に位置します。クエンチャー分子は、蛍光共鳴エネルギー移動（FRET）によってレポーターの蛍光発光を阻害します。その仕組みを下に図示します。
1JOE/TETの代替
2VIC® の代替
3Cyanine 3 の代替
4TAMRA™ の代替
5Cyanine 5 の代替