esiRNA 자주 묻는 질문(FAQ)

머크는 업데이트된 게놈 주석 및 발현 검증에 기반하여 지속적으로 새로운 개별 esiRNA를 추가하고 있습니다. 해당 전사체가 포함되지 않은 경우, 종 및 표적 서열 측면에서 완전히 유연한 맞춤형 esiRNA(이 제품 옵션은 esiOPEN이라 불림)를 제공합니다. esiOPEN 설계 과정에는 최소 500bp 길이의 표적이 필요합니다.

예, 머크는 서열의 기원과 무관한 맞춤형 esiRNA(이 제품 옵션은 esiOPEN이라고 합니다)를 제공합니다. 최소 500bp 길이의 표적 서열만 제공해 주시면 됩니다.

예, esiRNA는 모든 전사체 변이체에 공통적으로 존재하는 표적 영역을 대상으로 설계됩니다. 그러나 극히 드문 경우, 특정 변이체가 다른 모든 변이체와 현저히 달라 공통 영역을 찾을 수 없는 경우가 있습니다. 이러한 경우 두 개의 esiRNA가 제공됩니다: 하나는 공통 영역을 공유하는 전사체를 표적으로 하고, 다른 하나는 첫 번째 esiRNA로 커버되지 않는 버전을 표적으로 합니다.

예, 머크는 모든 표적 영역에 대해 맞춤형 esiRNA(이 제품 옵션은 esiOPEN이라 불립니다)를 제공합니다. esiOPEN 설계 과정에는 최소 500bp 길이의 표적이 필요합니다. 따라서 표적 변이체는 특이성을 확보하기 위해 다른 변이체와 최소한 이 500bp 구간에서 차이가 있어야 합니다.

RNAi 표현형은 1차 esiRNA와 다른 전사체 영역을 표적하는 독립적인 2차 esiRNA를 활용하여 검증할 수 있습니다. 이러한 용도의 esiRNA는 'esiSEC'라는 제품 옵션으로 제공됩니다.

약한 노크다운의 가능한 원인은 낮은 노크다운 효율입니다. 반응 최적화는 트랜스펙션 시약과 esiRNA에 대한 용량-반응 곡선을 통해 수행해야 합니다. 트랜스펙션 시약의 양은 Renilla Luciferase (RLUC)와 같은 음성 대조군을 사용하여 결정해야 합니다. 노크다운 효율 검증에는 Eg5와 같은 양성 대조군을 사용하여 분열 정지(둥근 세포)의 표현형 분석 또는 qPCR 분석을 수행하십시오. 모든 형질 도입 시 세포 수를 안정적으로 유지해야 합니다. 최적화된 조건과의 차이는 노크다운 효율에 영향을 미치거나 세포 독성 효과를 유발할 수 있습니다.

전사가 최적화되고 양호한 품질을 유지했음에도 표적 단백질의 불만족스러운 고갈이 발생할 수 있는 다른 여러 원인이 존재합니다. 전환 속도가 느린 단백질의 경우, 최대 고갈은 전사 96시간 후에 예상됩니다(예: Cdc27의 APC 서브유닛). 세포주의 분열 속도가 느린 경우에도 노크다운 지연이 길어질 수 있습니다. 단백질 전환율이 높은 경우(예: 모터 단백질 Eg5), 전사 48시간 후에 소모가 예상됩니다. 따라서 적절한 시점에 측정을 수행해야 합니다. 그러나 일부 경우, 낮은 노크다운 효율을 설명할 수 없다면 mRNA의 다른 영역을 표적하는 독립적인 2차 esiRNA(이 제품 옵션은 esiSEC라고 함)를 시도해 볼 가치가 있을 수 있습니다.