Anticorps anti-hybride ADN-ARN, clone S9.6

Les hybrides ADN-ARN sont naturellement présents dans les cellules eucaryotes, et se trouvent à des niveaux élevés dans les sites de forte activité transcriptionnelle. Ce sont des structures constituées d'acides nucléiques non canoniques dotées de fonctions de régulation de la transcription. Leur présence prédisposerait un locus à une cassure chromosomique. Un locus formant un hybride ADN-ARN crée une conformation intermédiaire A/B double brin, avec une seconde cible pour les protéines se liant aux acides nucléiques simple brin sur le brin d'ADN déplacé complémentaire. Il a été montré que ces espèces résistent à l'activité des ADN méthyltransférases. La formation d'hybrides ADN-ARN a été associée à un certain nombre de maladies neurologiques. Des mutations de la senataxine (SETX), une ADN-ARN hélicase, sont impliquées dans la forme juvénile dominante de la sclérose latérale amyotrophique de type 4 et dans une forme récessive d'ataxie avec apraxie oculomotrice de type 2.

Duplex ADN-ARN hétéropolymère préparé par transcription de l'ADN simple brin du phage phi X174 avec l'ARN polymérase ADN-dépendante (Boguslawski, S.J., et al. (1986). J. Immunol Methods. 89(1):123-130).

Analyse par dot blot : Une concentration de 0,2 µg/m d'un lot représentatif a permis de détecter un niveau plus élevé d'hybrides ADN-ARN dans des extraits génomiques de souche de levure déficiente en RNase H que dans des extraits de souche de type sauvage (avec la permission de Lorenzo Costantino, Ph.D., laboratoire Koshland, université de Californie à Berkeley, États-Unis).

Essai de liaison par affinité : Le clone S9.6 se lie aussi bien à l'hétéropolymère d'ADN-ARN qu'au poly(I)-poly(dC), mais des niveaux de poly(A)-poly(dT) 100 fois plus élevés ont été requis pour obtenir un degré de liaison similaire. L'ADN simple brin, l'ADN double brin, l'ARN double brin et l'ARN ribosomique n'ont pas été liés par le clone S9.6 (Boguslawski, S.J., et al. (1986). J. Immunol Methods. 89(1):123-130).

Analyse par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) : Un lot représentatif a permis de détecter davantage d'hybrides ADN-ARN au niveau de quatre gènes activement transcrits lors de l'inactivation médiée par shARN de BRCA1 ou BRCA2, mais pas PCID2 ou RAD51, dans des cellules HeLa (Bhatia, V., et al. (2014). Nature. 511(7509):362-365).

Analyse par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) : Un lot représentatif a permis de détecter des boucles R formées sur le gène de l'actine bêta en utilisant une préparation de chromatine de cellules HeLa. Un traitement de la préparation de chromatine par la RNase H a empêché le clone S9.6 d'immunoprécipiter les fragments de chromatine ciblés (Skourti-Stathaki, K., et al. (2011). Mol. Cell. 42(6):794-805).

Analyse par séquençage avec immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-seq) : Un lot représentatif a permis de détecter la distribution à l'échelle du génome des hybrides ADN-ARN dans une levure bourgeonnante par analyse ChIP-seq (El Hage, A., et al. (2014). PLoS Genet. 10(10):e1004716).

Analyse par immunocytochimie : Des lots représentatifs ont permis d'immunolocaliser des boucles R nucléaires par coloration immunocytochimique en fluorescence de cellules souches embryonnaires humaines (CSEh) H1 fixées au méthanol et de cellules HeLa fixées au formaldéhyde (Bhatia, V., et al. (2014). Nature. 511(7509):362-365; Ginno, P.A., et al. (2012). Mol. Cell. 45(6):814-825).

Analyse par immunoprécipitation : Un lot représentatif a permis d'immunoprécipiter in vitro un substrat de boucle R transcrit (hybride ADN-ARN), mais pas de l'ADN double brin (ADNdb) (Ginno, P.A., et al. (2012). Mol. Cell. 45(6):814-825).

Domaine de recherche
Épigénétique et fonction nucléaire

L'anticorps anti-hybride ADN-ARN, clone S9.6 (réf. MABE1095) est un anticorps monoclonal de souris hautement spécifique qui cible les hybrides ADN-ARN. Il a été testé dans des essais de liaison par affinité, et en immunoprécipitation de la chromatine (ChIP), ChIP-seq, dot blot, immunocytochimie et immunoprécipitation.

La structure de l'hétéroduplex ADN-ARN ciblé (boucle R) n'est pas spécifique à une séquence ou une espèce.

Le clone S9.6 se lie aussi bien à l'hétéropolymère d'ADN-ARN qu'au poly(I)-poly(dC), mais des niveaux de poly(A)-poly(dT) 100 fois plus élevés ont été requis pour obtenir un degré de liaison similaire. L'ADN simple brin, l'ADN double brin, l'ARN double brin et l'ARN ribosomique n'ont pas été liés par le clone S9.6 (Boguslawski, S.J., et al. (1986). J. Immunol Methods. 89(1):123-130).

Format : purifié

IgG2aκ de souris purifiée dans un tampon contenant de la Tris-glycine 0,1 M (à pH 7,4), du NaCl 150 mM et 0,05 % d'azoture de sodium.

Produit purifié sur protéine G.

Stable entre 2 et 8 °C pendant 1 an à compter de la date de réception.

Produit évalué par immunocytochimie sur des cellules HeLa.

Analyse par immunocytochimie : Une dilution au 1/50e de cet anticorps a permis d'immunolocaliser des hybrides ADN-ARN nucléaires et mitochondriaux dans des cellules HeLa fixées avec 4 % de paraformaldéhyde et perméabilisées par 0,3 % de Triton X.

Concentration : Voir la fiche technique du lot concerné.

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