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Merck

표적 단백질 분해

표적 단백질 분해를 위해 PROTAC(초록색)이 표적(노란색)에 결합하고 E3 유비퀴틴(분홍색)이 포함된 공결정 구조의 3D 모델.

표적 단백질 분해(TPD)는 소분자를 이용해 세포 내 분해 과정을 활용함으로써 세포에서 문제 단백질을 제거하는 새로운 신약 개발 전략입니다. 이러한 과정 중 하나는 유비퀴틴-프로테아좀 경로로, E3 유비퀴틴 리가아제 및 관련 파트너를 활용하여 손상되거나 잘못 접힌 단백질을 찾아내어 프로테아좀, 즉 ‘세포의 쓰레기통’을 통해 분해하는 세포 내 품질 관리 메커니즘입니다. 단백질 분해 표적 키메라(PROTAC® 분해제)는 질병 표적 ‘탄두’와 E3 리가아제 리간드가 링커로 연결된 이종 이중 기능성 분자입니다. 

세포에 도입되면, 이 분자들은 표적 단백질을 E3 리가제로 유인하여, 본래의 분해 경로를 활용해 질병 표적을 제거합니다. 이러한 단백질 침묵화 접근법은 CRISPR과 화학적으로 동등한 것으로 평가받는 표현형을 나타내지만, 소분자 조절이 가능하다는 장점이 있습니다. 



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연구용 프로테아제
프로테아제

단백질 절단 워크플로우에 필요한 엔도펩티다제 및 엑소펩티다제 절단 응용 분야를 위한 프로테아제 시약 및 관련 자료.

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Duolink<sup>®</sup> 근접 결찰 분석법
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PROTAC®을 매개로 한 표적 단백질의 분해는 소분자를 이용한 기존의 점유 기반 억제 방식에 비해 여러 가지 장점을 제공합니다. 리드 화합물, 워헤드, 또는 억제제를 기반으로 개발된 분해제는 향상된 세포 반응과 표적 선택성을 보여줍니다. 분해제는 표적과 함께 제거되지 않고 재순환되므로, 더 낮은 용량에서도 촉매 작용을 발휘합니다. 마지막으로, 명확한 결합 동굴이나 활성 부위가 없어 기존 소분자로는 치료가 어렵다고 여겨지는 단백질 표적(약물화 불가능 표적, “undruggables”)의 약 80%에 대해, 친화도가 낮은 결합체들이 다양한 표적을 E3 리가제로 모집하는 능력을 통해 성공적인 분해제로 개발되었습니다. 부분적으로는 이러한 이유들로 인해, 단백질 분해제는 신약 개발의 새로운 기법으로 자리매김했으며 연구 도구로서도 유망한 미래를 가지고 있습니다.

단백질 분해제는 표적 단백질과 E3 리가제 모두와 동시에 상호작용하기 때문에, 그 설계는 결코 간단하지 않습니다. 표적 단백질의 분해를 선별하기 위해 PROTAC® 라이브러리를 생성할 때 모듈식 접근법이 자주 채택됩니다. 이를 위해 E3 리간드, 표적 워헤드 및 링커의 전략적 조합을 합성하며, 특히 링커의 특성과 출구 벡터에 대한 관심이 점점 더 높아지고 있습니다. 표적 특이적 분해제 라이브러리의 각 구성 요소에 대해 세포 내 표적 단백질의 고갈 정도를 분석함으로써, 추가적인 최적화 및 특성 분석을 위한 단서를 확보합니다.

PROTAC®은 Arvinas Operations, Inc.의 등록 상표이며, 라이선스 하에 사용됩니다.

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