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Merck

X4126

Xylene Cyanol FF

BioReagent, Molecular Biology

Synonyme(s) :

Acid blue 147, Cyanol FF, XC

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A propos de cet article

Formule empirique (notation de Hill) :
C25H27N2NaO6S2
Numéro CAS:
Poids moléculaire :
538.61
UNSPSC Code:
12171500
NACRES:
NA.52
PubChem Substance ID:
EC Number:
220-167-5
Colour Index Number:
42135
MDL number:
Service technique
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grade

Molecular Biology

Quality Level

product line

BioReagent

form

powder

technique(s)

nucleic acid detection: suitable

solubility

H2O: complete 1 mg/mL, clear, blue

suitability

suitable for nucleic acid staining

storage temp.

room temp

SMILES string

[Na+].CCNc1ccc(cc1C)C(=C2/C=CC(=N\CC)\C(C)=C2)\c3ccc(cc3S(O)(=O)=O)S([O-])(=O)=O

InChI

1S/C25H28N2O6S2.Na/c1-5-26-22-11-7-18(13-16(22)3)25(19-8-12-23(27-6-2)17(4)14-19)21-10-9-20(34(28,29)30)15-24(21)35(31,32)33;/h7-15,26H,5-6H2,1-4H3,(H,28,29,30)(H,31,32,33);/q;+1/p-1/b25-19-,27-23-;

InChI key

VVLFAAMTGMGYBS-KRQUPCAFSA-M

General description

Xylene cyanol is often used as a tracking dye during agarose or polyacrylamide gel electrophoresis. It has a slight negative charge and will migrate the same direction as DNA, allowing the user to monitor the progress of molecules moving through the gel. The rate of migration varies with gel composition.

Application

Xylene Cyanol FF is used as a:
  • histological stain and as tracker dye in DNA sequencing and electrophoresis
  • gel-loading dye
  • formamide RNA loading dye
  • tracking dye in native polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) loading buffer

Biochem/physiol Actions

Xylene Cyanol FF acts as nucleic acid stain.

Preparation Note

A 6x Gel Loading Buffer can be made using standard recipes, including 0.05% xylene cyanol.


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hcodes

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Eye Irrit. 2

Classe de stockage

11 - Combustible Solids

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WGK 3

flash_point_f

Not applicable

flash_point_c

Not applicable

ppe

dust mask type N95 (US), Eyeshields, Gloves



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Cell-internalization SELEX: method for identifying cell-internalizing RNA aptamers for delivering siRNAs to target cells
<BIG>Thiel WH, et al.</BIG>
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Design and self-assembly of siRNA-functionalized RNA nanoparticles for use in automated nanomedicine
<BIG>Afonin KA, et al.</BIG>
Nature Protocols, 6, 2022-2022 (2011)
Nicolás Cara et al.
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Methylation-Sensitive Amplification Polymorphism (MSAP) is a versatile marker for analyzing DNA methylation patterns in non-model species. The implementation of this technique does not require a reference genome and makes it possible to determine the methylation status of hundreds of anonymous