RNA 면역침전법(RIP) 자주 묻는 질문

BSA로 사전 차단되지 않은 비드의 경우, 차단 용액에 효모 RNA 또는 1% BSA를 사용하여 차단해 볼 수 있습니다. 또한 Magna Nuclear RIP™ (Native) RIP 키트(제품 번호: 17-10522) 또는 Magna Nuclear RIP™ (Cross-Linked) (제품 번호: 17-10520)를 사용하면 비특이적 결합을 크게 줄이고 신호 대 잡음 비율을 높이는 데 도움이 됩니다.

단백질-RNA 상호작용이 직접적인지 여부를 알 수 없는 경우, 크로스링킹을 권장합니다. 단백질 결합을 검출할 수 있는지 여부는 실험 조건에 따라 달라지므로, IP 조건 하에서 단백질-RNA 상호작용이 유지되는지 확인하기 위해 크로스링킹을 수행하는 것이 좋습니다. IP 조건 하에서 단백질-RNA 상호작용이 입증된 후에는, 기존 IP 조건을 테스트할 수 있습니다.

이는 아마도 귀하의 RIP이 특이적임을 나타내는 좋은 지표일 것입니다. 음성 대조군에서 샘플보다 높은 수준의 RNA 회수율(5~10배)을 관찰하는 것은 드문 일이 아닙니다. 중요한 것은 전체 RNA 풀 중 귀하에게 관련성이 있는 비율이 얼마인지입니다. 즉, 음성 대조군에는 훨씬 더 다양하고 관련성 없는 RNA가 많이 존재할 수 있는 반면, 귀하의 IP에는 소수이지만 특이적이고 관련성이 있으며 더 많은 양으로 존재하는 RNA가 있을 수 있습니다.

먼저, 템플릿 DNA(또는 cDNA)의 연속적 희석액을 사용하여 표준 곡선을 생성할 수 있습니다. 그런 다음 방금 생성한 표준 곡선을 활용하여 입력 샘플과 RIP 샘플의 상대적 값을 계산한 후 비율을 산출할 수 있습니다.